藍寶石中最常見的瑕疵是小針狀雜質，稱為"絲狀物"。因為每顆藍寶石都是在其獨特的環(huán)境中形成的，每顆寶石均含有賦予其精確顏色的痕量礦物質組合以及獨特的識別標記或雜質。雖然藍寶石中較高凈度水準的要比紅寶石和綠寶石為多，但內部極少瑕疵的藍寶石仍然非常稀有且價格過高。

　　在淡的和中等顏色的藍寶石中雜質一般比較明顯。由于藍寶石總是帶有雜質，所以要選擇較深色澤的藍寶石，這樣雜質可以有效地隱藏起來。